В храме несколько входов, размещенных с разных сторон здания, ранее предназначенных для разных категорий посетителей так, что император с семьёй, духовенство, офицеры, солдаты и частные лица могли проходить отдельно, прямо в те места в храме, которые для них были предназначены.

  • С западной стороны: Парадный вход декорирован большим мозаичным панно с изображением Фёдоровской иконы Божией Матери с предстоящими святыми. Над этим входом находится небольшая звонница с тремя арками и колоколами. В стене по сторонам от входа были вделаны доски с датами закладки и освящения храма, а также с именами строителей. В храм ведёт лестница красного гранита. Этим входом пользовались в редких случаях во время больших праздников. Повреждённая мозаика была восстановлена художниками В. Н. и Н. Лупановым с учениками.
  • С южной стороны здания находились два входа:
  • вход для офицеров и чинов конвоя, решённый в виде трёхступенчатых арок и украшенный мозаичным изображением Георгия Победоносца на коне. Мозаика была восстановлена мозаичными мастерскими Российской академии художеств под руководством В. А. Машенкина;
  • отдельный вход для императорской семьи в пещерный храм. Вход был украшен иконой (не мозаичным панно) с изображением преподобного Серафима Саровского.
  • В юго-восточном углу здания находится вход, ведущий в верхний храм, ранее предназначенный также для императорской семьи. Он оформлен в виде каменного крыльца с шатровым синим верхом, завершенным золоченым орлом на скипетре (точная копия изображения в Патриаршей палате Кремлёвского дворца). Над входом — иконы святого благоверного князя Александра Невского, Марии Магдалины, святой царицы Александры.
  • На северной стороне собора два входа:
  • основной — посередине стены, ведущей в верхний храм и служивший общим входом для прихожан и нижних чинов летом. Сейчас — также основной вход. Над ним находилось мозаичное изображение Архангела Михаила на красно-огненном коне в боевом вооружении.
  • вход в пещерный храм, солдатскую шинельную и в кочегарку (он также назывался входом для нижних чинов). Сейчас над входом мозаика с изображением преподобного Серафима Саровского, что не соответствует исторической действительности.

Под колокольней находится небольшая дверь, которая ведёт в нижнюю часть храма. Небольшие двери находятся также в северо-восточном и юго-западном (в покойницкую) углах храма.

На восточной стороне, над алтарной стороной, в абсиде, мозаика Господь Вседержитель.